Phát biểu khai mạc, đồng chí Trương Tấn Sang nhấn mạnh: Hội nghị Trung ương 7 (khoá IX) đã ban hành Nghị quyết số 25-NQ/TW về công tác tôn giáo. Đây là Nghị quyết đầu tiên của Ban Chấp hành Trung ương đề cập toàn diện về tôn giáo được phổ biến, quán triệt rộng rãi đến từng cán bộ, đảng viên và mọi tầng lớp nhân dân, khẳng định chính sách nhất quán của Đảng là tôn trọng và bảo đảm quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo của công dân trong quá trình xây dựng chủ nghĩa xã hội ở nước ta.
Đồng chí Trương Tấn Sang khẳng định: Qua 5 năm thực hiện Nghị quyết đã tạo được sự chuyển biến quan trọng trong nhận thức của hệ thống chính trị và toàn xã hội, nâng cao ý thức trách nhiệm của các cấp, các ngành đối với công tác tôn giáo. Tình hình tôn giáo về cơ bản ổn định. Nhìn chung hoạt động của các tổ chức tôn giáo tuân thủ pháp luật theo hướng "tốt đời , đẹp đạo", đồng hành cùng dân tộc. Đại đa số tín đồ, chức sắc các tôn giáo tin tưởng vào sự nghiệp xây dựng và bảo bệ Tổ quốc; tích cực tham gia các chủ trương xã hội hóa y tế, giáo dục, hoạt động từ thiện, nhân đạo, các phong trào xây dựng đời sống văn hoá ở khu dân cư, các lễ hội tôn giáo truyền thống, bảo đảm an ninh, an toàn trật tự xã hội.
Tuy nhiên, do số lượng các tổ chức, hệ phái tôn giáo được công nhận và được đăng ký hoạt động ngày càng tăng và lịch sử hình thành các tôn giáo ở nước ta có những đặc thù riêng của mỗi tôn giáo, đặt ra cho công tác tôn giáo nói chung và công tác quản lý nhà nước về tôn giáo nhiều vấn đề cần được nghiên cứu thấu đáo và giải quyết, đảm bảo lợi ích của đất nước, dân tộc và của người có đạo.
Đồng chí Trương Tấn Sang đề nghị các đại biểu tập trung thảo luận phân tích sâu vấn đề nhận thức về tôn giáo và công tác tôn giáo của cán bộ, đảng viên và cấp ủy, chính quyền, Mặt trận Tổ quốc và đoàn thể các cấp; công tác quản lý nhà nước về tôn giáo. Trên cơ sở kết quả đạt được, để thực hiện Nghị quyết tốt hơn nữa trong thời gian tới, cần đề xuất hướng bổ sung hoàn chỉnh chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước cho phù hợp thực tiễn.
Báo cáo tổng kết do đồng chí Hà Thị Khiết trình bày nêu rõ: Thực hiện chủ trương đổi mới của Đảng, công tác vận động đồng bào tôn giáo hưởng ứng tham gia các phong trào thi đua yêu nước, xây dựng khối đại đoàn kết dân tộc có nhiều tiến bộ. Đồng bào các tôn giáo đã có những đóng góp tích cực vào công cuộc xây dựng và bảo vệ Tổ quốc. Các tôn giáo có sự phát triển về tín đồ, chức sắc, nhà tu hành; sinh hoạt tôn giáo sôi động, cơ sở thờ tự được xây mới, tu bổ khang trang. Tổ chức giáo hội được củng cố từ cấp Trung ương đến cơ sở. Công tác quản lý Nhà nước các hoạt động tôn giáo sau khi có Nghị quyết được tăng cường, chính quyền các cấp đã ý thức rõ hơn về trách nhiệm quản lý đối với tôn giáo; sinh hoạt tôn giáo của chức sắc, tín đồ được đảm bảo và tạo điều kiện thuận lợi, nhu cầu sinh hoạt tôn giáo được hướng dẫn và giải quyết nhanh chóng theo quy định của pháp luật. Công tác đối ngoại về tôn giáo thu được kết quả quan trọng, tranh thủ được sự đồng tình, ủng hộ mạnh mẽ của dư luận trong và ngoài nước, khẳng định chính sách tôn trọng và bảo đảm tự do tôn giáo ở nước ta, góp phần quan trọng vào công tác đối ngoại của Đảng và Nhà nước ta trong thời kỳ mở cửa và hội nhập. Tổ chức bộ máy và cán bộ làm công tác tôn giáo đang từng bước được củng cố.
Thời gian tới, công tác tôn giáo sẽ tiếp tục quán triệt, nâng cao nhận thức cho cán bộ lãnh đạo Đảng, chính quyền, MTTQ, đoàn thể nhân dân các cấp, đội ngũ cán bộ làm công tác tôn giáo và quần chúng nhân dân, tín đồ, chức sắc các tôn giáo những quan điểm của Đảng, chính sách pháp luật của Nhà nước về tôn giáo. Các hoạt động thông tin đối ngoại về tôn giáo được tăng cường nhằm làm cho cộng đồng người Việt Nam ở nước ngoài, bạn bè quốc tế, các tổ chức tôn giáo trong khu vực và trên thế giới hiểu về chính sách tôn giáo của Đảng, Nhà nước và tình hình tôn giáo ở Việt Nam. Hướng dẫn và tạo điều kiện cho các tổ chức, chức sắc, tín đồ các tôn giáo sinh hoạt tôn giáo ổn định theo hiến chương, điều lệ của tổ chức tôn giáo đã được Nhà nước công nhận và các quy định của pháp luật; Phong trào thi đua yêu nước, xây dựng cuộc sống "tốt đời, đẹp đạo" trong quần chúng tín đồ các tôn giáo được đẩy mạnh, góp phần xây dựng khối đại đoàn kết dân tộc; chủ động phòng ngừa và đấu tranh chống việc lợi dụng tôn giáo gây mất ổn định xã hội, xâm hại an ninh quốc gia và làm tổn hại tới lợi ích Tổ quốc, dân tộc và nhân dân...
Thảo luận tại hội nghị, đa số các đại biểu đã cơ bản tán thành với Báo cáo tổng kết và đóng góp nhiều ý kiến quan trọng, nhiều kinh nghiệm quý. Các đại biểu cũng đã tập trung thảo luận làm rõ những mặt được, chưa được, phân tích những hạn chế và nguyên nhân; những bài học kinh nghiệm, cách làm hay trong quá trình tổ chức thực hiện Nghị quyết; những cơ chế, chính sách, tổ chức bộ máy, cán bộ làm công tác tôn giáo hiện nay, nêu những giải pháp tiếp tục thực hiện có hiệu quả Nghị quyết Hội nghị Trung ương 7 (khóa IX) trong thời gian tới.
Phát biểu kết luận Hội nghị, thay mặt Ban Bí thư, đồng chí Trương Tấn Sang đã ghi nhận những ý kiến đóng góp và những kiến nghị của các địa phương vào dự thảo báo cáo tổng kết. Những ý kiến đó sẽ được tập hợp và bổ sung vào báo cáo trình Bộ Chính trị.
Đồng chí khẳng định: Hoạt động tôn giáo và công tác tôn giáo phải nhằm tăng cường đoàn kết toàn dân tộc, xây dựng và bảo vệ Tổ quốc, vì mục tiêu dân giầu nước mạnh, xã hội công bằng, dân chủ, văn minh. Để tiếp tục thực hiện có hiệu quả Nghị quyết lần thứ 7 (khóa IX) về công tác tôn giáo trong thời gian tới, đồng chí Trương Tấn Sang yêu cầu các cấp uỷ Đảng, chính quyền, đoàn thể cần tập trung thực hiện tốt một số nhiệm vụ chủ yếu sau:
1. Trước hết phải tiếp tục quán triệt sâu sắc các quan điển và chính sách được xác định trong Nghị quyết số 25 của Ban Chấp hành Trung ương (khóa IX) về công tác tôn giáo cho cán bộ lãnh đạo Đảng, chính quyền, MTTQ, đoàn thể các cấp, đội ngũ cán bộ làm công tác tôn giáo và quần chúng nhân dân, tín đồ, chức sắc tôn giáo.
2. Tiếp tục bổ sung hoàn thiện chính sách, pháp luật về tôn giáo, phù hợp với quan điểm, chính sách của Đảng và phù hợp với thực tiễn trong giai đoạn mới của đất nước.
3. Đẩy mạnh công tác thông tin, tuyên truyền về chủ trương, chính sách tôn giáo đúng đắn của Đảng và Nhà nước ở trong nước. Đồng thời tăng cường các hoạt động đối ngoại tôn giáo bào gồm cả việc hướng dẫn, tạo điều kiện cho các tôn giáo tham gia hoạt động đối ngoại nhân dân, làm cho cộng đồng người Việt Nam ở nước ngoài, các tổ chức tôn giáo trên thế giới và bạn bè quốc tế hiểu rõ chính sách tôn giáo đúng đắn của Đảng và Nhà nước ta và tình hình tôn giáo ở Việt Nam, ủng hộ sự nghiệp xây dựng và phát triển đất nước, ngăn chặn việc lợi dụng tôn giáo để chống phá sự nghiệp đổi mới của Đảng và nhân dân ta của các thế lực thù địch.
4. Quan tâm và tạo điều kiện cho các tổ chức tôn giáo sinh hoạt tôn giáo theo Hiến chương, Điều lệ của tổ chức tôn giáo đã được Nhà nước công nhận và đúng các quy định của pháp luật.
5. Chủ động phòng ngừa và đấu tranh chống việc lợi dụng tôn giáo. Chú ý công tác vận động tín đồ các tôn giáo phát huy tinh thần yêu nước, tự giác phối hợp đấu tranh, ngăn chặn các hoạt động lợi dụng tôn giáo tuyên truyền tà đạo, những hoạt động mê tín dị đoan, lợi dụng tôn giáo phá hoại đại đoàn kết dân tộc, gây mất ổn định xã hội và xâm hại an ninh quốc gia, làm tổn hại đến lợi ích Tổ quốc, dân tộc và nhân dân.
6. Đẩy mạnh công tác vận động quần chúng với những hình thức phương thức phù hợp. Nghiên cứu và tổng kết thực tiễn công tác tôn giáo trên cơ sở đặc điểm các tôn giáo để có chính sách nhằm phát huy những mặt tích cực về giá trị đạo đức, văn hóa tôn giáo, các hình thức lĩnh vực mà tôn giáo có thế mạnh để động viên các tổ chức tôn giáo, đông đảo chức sắc tín đồ tự nguyện tham gia cùng các tầng lóp nhân dân đóng góp nhiều nhất cho công cuộc xây dựng và phát triển đất nước
7. Tiếp tục củng cố, xây dựng hệ thống chính trị ở cơ sở vững mạnh trong vùng đồng bào có đạo; đẩy mạnh công tác phát triển đảng viên là người có đạo, trên cơ sở đảm bảo tiêu chuẩn, chất lượng, đồng thời có sự vận dụng linh hoạt, phù hợp với thực tế. Sớm củng cố, kiện toàn bộ máy và đội ngũ cán bộ làm công tác tôn giáo của cơ quan Đảng, chính quyền, MTTQ và các đoàn thể ở các cấp; xác định rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, mô hình tổ chức bộ máy quản lý nhà nước về tôn giáo ở các cấp; có chính sách đãi ngộ đặc thù đối với cán bộ làm công tác tôn giáo.
Đồng chí Trương Tấn Sang yêu cầu các cấp uỷ đảng, chính quyền, MTTQ và các đoanh thể nhân dân từ Trung ương đến cơ sở tiếp tục quán triệt nghị quyết 25 của Ban Chấp hành Trung ương Đảng (khoá IX) và kết luận của Bộ Chính trị sắp ban hành tới đây về công tác tôn giáo, thường xuyên phối hợp đồng bộ giữa các các ngành, MTTTQ và các đoàn thể nhân dân; thống nhất vê nhận thức, tập trung lãnh đạo chỉ đạt đạt hiệu quả cao.