Sau khi duyệt qua những tiến bộ đã đạt được từ Khóa họp thứ nhất của Nhóm làm việc hỗn hợp, hai bên đã thảo luận những vấn đề quốc tế và những vấn đề liên quan đến quan hệ song phương, và đến Giáo Hội Công Giáo tại Việt Nam. Phía Việt Nam nhắc lại chính sách trước sau như một về việc tôn trọng tự do tôn giáo và tín ngưỡng cũng như các qui định pháp lý bảo đảm cho việc thực thi quyền tự do này. Phái đoàn Tòa Thánh đã ghi nhận giải thích này và yêu cầu có thêm những điều kiện để Giáo Hội tham gia hữu hiệu vào sự phát triển đất nước, nhất là trong lãnh vực tinh thần, giáo dục, chăm sóc sức khỏe, xã hội và từ thiện. Phái đoàn Tòa Thánh cũng nhắc lại rằng, Giáo Hội -qua các giáo huấn- mời gọi các tín hữu trở thành những công dân tốt và hoạt động cho công ích của nhân dân.
Hai bên đã ghi nhận những phát triển khả quan trong các lãnh vực của đời sống Công Giáo tại Việt Nam, đặc biệt về Năm Thánh. Ngoài ra, cả hai nhắc đến bài diễn văn của Đức Thánh Cha Bênêđictô XVI trong dịp viếng thăm Ad Limina của các Giám mục Việt Nam vừa qua và Sứ điệp của Đức Thánh Cha gửi Giáo Hội Công giáo tại Việt Nam nhân dịp Năm Thánh, và đồng ý rằng các giáo huấn này của Đức Thánh Cha sẽ được dùng để định hướng cho Giáo Hội Công giáo tại Việt Nam trong những năm tới.
Về quan hệ song phương, hai bên đánh giá cao những phát triển tích cực diễn ra từ sau Khóa họp thứ nhất của Nhóm làm việc hỗn hợp, đặc biệt là cuộc gặp gỡ giữa Đức giáo hoàng Bênêđictô XVI và Chủ tịch nước Việt Nam Nguyễn Minh Triết hồi tháng 12/2009. Hai bên cũng đã trao đổi thấu đáo và toàn diện về quan hệ ngoại giao song phương. Để đào sâu quan hệ giữa Tòa Thánh và Việt Nam, cũng như những quan hệ giữa Tòa Thánh và Giáo Hội Công Giáo địa phương, hai bên đã thỏa thuận bước đầu Đức Giáo Hoàng sẽ bổ nhiệm một vị đại diện không thường trú của Tòa Thánh tại Việt Nam.
Hai bên đã quyết định sẽ nhóm Khóa họp thứ ba của Nhóm làm việc hỗn hợp tại Việt Nam; thời gian nhóm họp sẽ được thỏa thuận qua đường ngoại giao.
Nhân khóa họp, Phái đoàn Việt Nam đã thăm xã giao Đức TGM Mamberti, Ngoại trưởng Tòa Thánh, ĐHY Bộ trưởng Bộ truyền giáo và Tòa giám quản Roma. Phái đoàn cũng đến thăm Bệnh viện Nhi đồng “Chúa Hài Đồng Giêsu” của Tòa thánh ở Roma.