Sự đổi mới của UBĐKCGVN không chỉ về mặt cơ cấu tổ chức như: lần đầu tiên bỏ Ban Thư ký, thay vào đó là Ban Thường trực họp thường lệ mỗi tháng một lần để nắm tình hình và chỉ đạo triển khai các phong trào thi đua cũng như hoạt động của tổ chức Uỷ ban, kịp thời đề ra những đường hướng cụ thể trong hoạt động và nhanh chóng giải quyết những vấn đề nảy sinh. Lần đầu tiên, hai Ban Thường trực (Ban thường trực Uỷ ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và Ban thường trựcUBĐKCGVN) đã thống nhất ban hành Quy chế Tổ chức và Hoạt động của Văn phòng UBĐKCGVN, nhằm củng cố tổ chức và lề lối làm việc giúp cho Văn phòng UBĐKCGVN phát huy vai trò làm tham mưu, giúp việc cho Ban Thường trực UBĐKCGVN.
Từ sự đổi mới về cơ cấu tổ chức đã đem lại những đổi mới trong thực tiễn hoạt động của UBĐKCGVN. Năm 2009 là năm UBĐKCGVN đã tổ chức nhiều chuyến đi khảo sát tình hình phong trào thi đua yêu nước, sống tốt đời đẹp đạo và hoạt động của Uỷ ban đoàn kết Công giáo các tỉnh thành trong cả nước, tìm hiểu tâm tư nguyện vọng chính đáng của người Công giáo và những thuận lợi, khó khăn trong quá trình hoạt động của UBĐKCGVN, đặc biệt là về cơ cấu tổ chức và cơ chế hoạt động, phối hợp…, kịp thời phản ánh với Đảng, Nhà nước, Mặt trận Tổ quốc Việt Nam để tìm cách tháo gỡ vướng mắc, thúc đẩy phong trào thi đua và phát huy vai trò của UBĐKCGVN trong giai đoạn mới.
Nhằm tuyên truyền, quảng bá rộng rãi hình ảnh của UBĐKCGVN, phản ánh những phong trào thi đua “kính Chúa yêu nước, sống tốt đời đẹp đạo” của đồng bào Công giáo Việt Nam cũng như hoạt động của Uỷ ban Đoàn kết Công giáo các cấp trong thời kỳ đất nước đổi mới và hội nhập tới đông đảo độc giả trên phạm vi toàn quốc và quốc tế một cách nhanh nhất, Uỷ ban Đoàn kết Công giáo Việt Nam đã xây dựng trang thông tin điện tử với tên miền: http://ubdkcgvn.org.vn. Đến nay trang web đã chính thức đi vào hoạt động với giấy phép số 156/GP-TTĐT.
Cũng trên tinh thần đổi mới, Hội nghị Đoàn Chủ tịch UBĐKCGVN (tháng 6 năm 2009) đã quyết định thành lập Ban Tư vấn Pháp luật và Ban Từ thiện Xã hội với mục đích giúp UBĐKCGVN tham gia đóng góp xây dựng, tuyên truyền, phổ biến chính sách pháp luật của Đảng và Nhà nước liên quan đến tín ngưỡng tôn giáo; tập hợp, động viên đồng bào Công giáo cả nước tích cực tham gia các hoạt động từ thiện xã hội góp phần làm cho đường hướng “sống Phúc âm giữa lòng Dân tộc để phục vụ hạnh phúc của đồng bào” tiếp tục được phát huy có hiệu quả hơn trong giai đoạn mới. Một việc làm thiết thực và có ý nghĩa về xã hội, vừa qua được sự cổ vũ, động viên của Uỷ ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội, UBĐKCGVN đã và đang tổ chức các hoạt động truyền thông nhằm gây quỹ “Vì trẻ em khuyết tật”. Mục đích gây quỹ là để cải thiện chất lượng cuộc sống của trẻ em khuyết tật bằng cách tạo ra những cầu nối ổn định và lâu dài để hỗ trợ trẻ em khuyết tật tiếp cận được các dịch vụ chăm sóc sức khoẻ, giáo dục và các dịch vụ khác nhằm phát triển tối đa năng lực của bản thân để họ có thể tự lập trong cuộc sống, hoà nhập được với cộng đồng. Mặc dù mới đang trong quá trình vận động gây quỹ nhưng những hoạt động giúp đỡ trẻ em khuyết tật đã và đang được tiến hành một cách tích cực trong giới Công giáo và tổ chức UBĐKCGVN trên 25 tỉnh, thành trong cả nước.
Bên cạnh việc kêu gọi các nhà hảo tâm đóng góp xây dựng Quỹ vì trẻ em khuyết tật, UBĐKCGVN cũng đã tiến hành xây dựng ba ngôi nhà tình nghĩa tặng cho người nghèo ở tỉnh Cao Bằng, là năm khởi đầu cho những năm tiếp theo UBĐKCGVN dấn thân phục vụ người nghèo, người có hoàn cảnh đặc biệt khó khăn, nhất là trẻ em nghèo khuyết tật.
Năm 2010, ngoài các hoạt động thường xuyên theo Điều lệ, UBĐKCGVN tiếp tục đẩy mạnh cuộc vận động “Toàn dân đoàn kết xây dựng đời sống văn hoá ở khu dân cư, sống tốt đời đẹp đạo”, triển khai từ cơ sở hội nghị tổng kết 5 năm phong trào thi đua yêu nước, sống tốt đời đẹp đạo và biểu dương người tốt việc tốt, gương điển hình tiên tiến, xuất sắc trong đồng bào Công giáo lần thứ hai (năm 2005-2010). Tập trung củng cố và phát triển tổ chức UBĐKCGVN các cấp và đẩy mạnh các hoạt động từ thiện xã hội, các cuộc vận động, các phong trào thi đua yêu nước do Mặt trận Tổ quốc Việt Nam phát động như cuộc vận động học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh; cuộc vận động người Việt Nam ưu tiên dùng hàng Việt Nam, cuộc vận động ngày vì người nghèo, nhất là quan tâm chăm sóc trẻ em khuyết tật thông qua các hoạt động truyền thông để tiến tới ra đời Quỹ vì trẻ em khuyết tật thuộc UBĐKCGVN, đây là một trong những việc làm có ý nghĩa thiết thực được đông đảo quần chúng giáo dân ủng hộ.v.v.
Có thể nói, những đổi mới trong cơ cấu tổ chức và hoạt động của UBĐKCGVN từ sau Đại hội đại biểu những người Công giáo Việt Nam xây dựng và bảo vệ Tổ quốc lần thứ V đến nay đã đem lại những kết quả quan trọng bước đầu. Đó là động lực thúc đẩy UBĐKCGVN tiếp tục phấn đấu trong năm 2010, một năm đầy ý nghĩa đối với cả Giáo hội và xã hội. Với chức năng nhiệm vụ của mình UBĐKCGVN sẽ theo sát những ngày sự kiện của Giáo hội và của đất nước, cổ vũ động viên người Công giáo tham gia các hoạt động xã hội; triển khai thực hiện tốt các phong trào do Đảng, Nhà nước và Mặt trận Tổ quốc Việt Nam phát động.