Năm 1968, ông là limh mục, phó xứ nhà thờ Vườn Xoài, tham gia phong trào Thanh Lao Công Sài Gòn.
Năm 1969 đến năm 1970, ông đi tu học tại Thuỵ Sĩ, Bỉ, Pháp đã cùng các Việt kiều qui tụ những tín đồ Thiên Chúa giáo thế giới ủng hộ Việt Nam.
Năm 1970 đến năm 1975, ông đã làm công nhân hốt rác và đã tham gia các tổ chức đòi Hoà bình, đòi quyền sống, đòi thi hành Hiệp định Paris. Ông là Phó chủ tịch phong trào nhân dân cứu đói, Chủ tịch Uỷ ban bảo vệ quyền lợi lao động.
Từ năm 1975 đến nay, ông là linh mục chánh xứ Nhà thờ Vườn Xoài và đã kinh qua chức vụ: Phó chủ tịch Liên hiệp Công đoàn Thành phố Hồ Chí Minh, uỷ viên thư ký Uỷ ban Đoàn kết Công giáo Việt Nam, Phó chủ tịch kiêm Tổng thư ký Uỷ ban Đoàn kết Công giáo Việt Nam, Phó chủ tịch thường trực Uỷ ban Đoàn kết Công giáo Thành phố Hồ Chí Minh, Tổng biên báo Công giáo và Dân tộc, Uỷ viên Uỷ ban Mặt trận Tổ quốc Việt Nam Thành phố Hồ Chí Minh và toàn quốc. Ông còn là Phó chủ tịch thứ nhất Hội cứu trợ trẻ em khuyết tật thành phố, uỷ viên Hội nạn nhân chất độc da cam Việt Nam, uỷ viên hội Chữ thập đỏ Việt Nam, Giám đốc cơ sở nuôi dưỡng và bảo hộ trẻ em khuyết tật Thiên Phước.
Linh mục Phan Khắc Từ là đại biểu Hội đồng Nhân dân Thành phố Hồ Chí minh khoá 1,2,3,4; Ông cũng là đại biểu Quốc hội khoá VIII và khóa IX, khoá X, uỷ viên Uỷ ban các vấn đề xã hội của Quốc hội khoá IX, khoá X.
Do những thành tích đã đạt, Linh mục được Nhà nước tặng thưởng Huân chương kháng chiến hạng nhì, Huân chương Đại đoàn kết Dân tộc và Huân chương Độc lập hạng ba.
Linh mục Phan Khắc Từ được Uỷ ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam giới thiệu tiếp tục ứng cử đại biểu Quốc hội khoá XIII.