Đầu thế kỷ XIX, vùng đất phía nam Yên Khánh, Yên Mô của tỉnh Ninh Bình vẫn là vùng biển hoang vu, cỏ lau, sậy mọc lút đầu người. Vì vậy nó cũng là nơi trú ẩn của những toán cướp giật. Sau khi cho người đi khảo sát năm 1827, Doanh điền sứ Nguyễn Công Trứ (1778-1859) đã dâng sớ lên vua Minh Mạng xin được khai khẩn vùng đất hoang thuộc Nam Định và Ninh Bình để lấy đất chia cho dân nghèo và cũng triệt nơi trú ngụ của trộm cướp. Được vua chuẩn y, tại Nam Định sau 6 tháng khai hoang, với hàng vạn công lao động, ông đã khai khẩn được 18.970 mẫu ruộng, lập 14 làng, 17 ấp, 20 trại mới. Vùng đất này được đặt tên là Tiền Hải, sáp nhập vào tỉnh Thái Bình.
Còn ở phía nam Yên Khánh, Yên Mô, Nguyễn Công Trứ đã chiêu mộ 63 vị chiêu mộ, thứ mộ, 1200 nhân đinh, sau 1 năm ròng lao động, ông đã thành lập được 7 tổng, 63 làng, 22 ấp, 24 trại, chia đất cho 1260 dân nghèo và thành lập huyện mới mang tên Kim Sơn. Như vậy từ năm 1829, Kim Sơn đã là vùng đất mới có tên trên bản đồ Việt Nam. Để cải tạo vùng đất chua, mặn Nguyễn Công Trứ cho đào sông Ân, nối với sông Vạc, sông Cầu dẫn nước ngọt tưới cho đồng ruộng để dân trồng cấy thuận lợi.
Trước đây, Tôn Đạo trực thuộc giáo xứ Phúc Nhạc. Sau này, vùng đất mới màu mỡ đã quy tụ nhiều cư dân đến đây lập nghiệp. Người Công giáo cũng đông hơn nên đến năm 1865, Tòa Giám mục cho phép Tôn Đạo thành lập giáo xứ. Lúc đầu, giáo dân cũng làm một ngôi nhà thờ nhỏ để làm nơi cầu nguyện, mãi đến năm 1922 mới xây dựng ngôi nhà thờ như hiện nay. Nhà thờ có một quá trình xây dựng rất lâu, mãi 14 năm mới hoàn thành. Vì công trình hoàn thiện mất rất nhiều thời gian.
Ngắm những đường nét kiến trúc của nhà thờ Tôn Đạo, ai cũng phải trầm trồ đến kinh ngạc. Từ những hoa văn xung quanh nhà thờ, tháp chuông đến những con cá chép ở ống thoát nước đều tinh xảo đến từng chi tiết nhỏ nhất. Lúc trời mưa, những con cá chép như đang bơi trong nước thật đẹp. Nhà thờ có khuôn viên rộng tới 23.760 m2. Mặt tiền nhà thờ có ba cửa, cửa chính có 1 lối đi rộng còn hai cửa bên thì chia làm 2 cánh cửa.
Trong nhà thờ rất thoáng. Hiện nay, nhà thờ vẫn còn giữ được chiếc tòa giảng dù xây bằng xi măng nhưng có hoa văn rất đẹp. Trên bàn thờ, ở tòa chính chỉ có đặt tượng Đức Mẹ- quan thày của nhà thờ. Đó là Đức Mẹ Vô nhiễm và lễ kính vào ngày 8-12 hàng năm. Nhà thờ có hai hàng cột xây nhưng không choán không gian của người xem lễ.
Từ giáo xứ Tôn Đạo cũng lần lượt tách ra nhiều giáo xứ mới như Khiết Kỷ, Dục Đức, Hướng Đạo. Giáo xứ hiện có 6 giáo họ với 2.350 giáo dân.
Ngày 8/12/2012, đúng ngày lễ kính quan thày của giáo xứ và cũng là kỷ niệm 120 năm thành lập giáo xứ, 90 năm khánh thành nhà thờ, Đức Giám mục giáo phận Phát Diệm, Giuse Nguyễn Năng cùng đông đảo các linh mục đã về dự lễ Tạ ơn của giáo xứ. Trong bài giảng, Đức cha Giuse đã ôn lại công lao của tổ tiên xưa đã hy sinh bao công sức và cả máu đào để gìn giữ gia tài đức tin cho con cháu đến hôm nay. Vì vậy, bổn phận của lớp hậu sinh là phải làm cho cây đức tin đó ngày càng tươi tốt, tỏa bóng rộng hơn nữa. Nhưng quan trọng hơn là xây ngôi nhà thờ cho Chúa ngự trong tâm hồn chứ không phải ngôi nhà thờ bằng gỗ hay xi măng ở ngoài. Ngôi nhà thờ này, ông cha đã xây dựng để con cháu có nơi cầu nguyện kính thờ Thiên Chúa. Vậy hãy năng đến nhà thờ để trò chuyện cùng Chúa, đừng để Chúa phải cô đơn trong ngôi nhà Tạm này.
Bích Hải