Thời chiến là thế, còn thời bình ông lại đau đáu với hậu quả mà chiến tranh để lại cho Việt Nam. Nhiều đứa trẻ bị mồ côi, tàn tật vì chất độc da cam/dioxin đã khiến cho người linh mục nhân hậu này quyết tâm làm một điều gì đó để có thể vơi bớt nỗi đau cho những mảnh đời bất hạnh.
Năm 1999, linh mục làm đơn nói rõ tâm tư, nguyện vọng của mình và xin cấp cho mảnh đất để xây dựng cơ sở nuôi dưỡng trẻ tàn tật. Thành phố đã chấp thuận cấp cho ông một héc - ta đất ở An Nhơn Tây - huyện Củ Chi, rồi ông vận động một vị linh mục Hàn Quốc ủng hộ kinh phí để xây dựng cơ sở nhận nuôi dưỡng, chăm sóc trẻ em nạn nhân chất độc da cam. Tháng 8-2001, cơ sở nuôi dưỡng trẻ em tàn tật Thiên Phước ra đời và tiếp nhận 8 cháu đầu tiên. Đến năm 2002 tăng lên 22 cháu, năm 2003 có 30 cháu... và đến nay, đã có 130 sinh linh tật nguyền non trẻ được đón nhận đến đây. Tất cả các cháu đều là trẻ mồ côi, bị nhiễm chất độc da cam/dioxin.
Khi nghe chúng tôi hỏi đến ý nghĩa hai từ "Thiên Phước", linh mục Phạm Khắc Từ cười hiền: Thiên Phước không chỉ là phước của trời mà còn là của hàng nghìn, hang vạn người làm điều phước, hướng tấm lòng nhân ái đến với những mảnh đời bất hạnh, góp phần nâng đỡ những mầm non tật nguyền, nạn nhân chất độc da cam. Do nhu cầu ngày càng lớn, năm 2004, cơ sở Thiên Phước mở thêm chi nhánh ở An Phú Đông, quận 12. Như thế vẫn chưa thỏa lòng người linh mục có gương mặt khả kính, bởi ông còn ấp ủ một điều, phải làm sao có nơi chăm sóc trẻ tốt nhất Đông Nam Á. Ước muốn của ông là có được một trung tâm liên hợp tiêu chuẩn quốc tế đầu tiên ở Việt Nam dành cho trẻ khuyết tật.
Nói là làm, đầu năm 2008, linh mục đưa ra kế hoạch chương trình 2 triệu USD để xây dựng 2 cơ sở phục hồi chức năng trị liệu, chăm sóc sức khỏe và đào tạo nghề cho các bệnh nhân trẻ em nội và ngoại trú; đồng thời là nơi đào tạo, phát triển kỹ năng và hòa nhập với cộng đồng bên ngoài với tiêu chuẩn quốc tế. Hai cơ sở mới này được đặt ở quận 8, TP Hồ Chí Minh và Đức Trọng (Lâm Đông) dự kiến sẽ hoàn thành và đi vào hoạt động cuối năm 2010.
Các "mạnh thường quân", nhà hảo tâm đã thường xuyên tìm đến hỗ trợ những chương trình từ thiện do ông khởi xướng. Vì thế gần 30 năm về làm Chánh xứ Giáo xứ Vườn Xoài, linh mục là chỗ dựa tinh thần cũng như vật chất cho hơn 7 nghìn giáo dân nơi dây.
Từ những người già neo đơn, những gia đình nghèo đến những người bị nhiễm HIV/AIDS luôn nhận được sự che chở, đùm bọc của ông. Ngoài nhận trợ cấp thường xuyên cho gần 60 hộ nghèo mỗi tháng 100 đồng/hộ, hàng năm giáo xứ còn tặng cả trăm suất học bổng cho sinh viên - học sinh nghèo; tặng quà cho người khuyết tật; mua bảo hiểm y tế cho hộ nghèo… Số tiền trợ giúp người nghèo ở giáo xứ mỗi năm cũng gần cả tỷ đồng. "Nếu chúng ta cứ phó mặc thì cuộc đời của những đứa trẻ mồ côi, khuyết tật, người nghèo…cứ mãi cực khổ. Mình có làm thì mới tập hợp được người khác tham gia, cùng nhau giúp đỡ những mảnh đời bất hạnh, để họ bớt khổ hơn. Bác ái là bản chất của người Kitô hữu, vì thế được tham gia tôi thấy lòng mình nhẹ nhàng, thanh thản hơn"- linh mục Phan Khắc Từ bộc bạch.